Employeurs : quels sont vos droits et obligations lors de l’arrêt de travail d’un salarié ?

Attestation de salaire, maintien de rémunération, déclaration à l’Assurance Maladie, visite médicale de reprise… Lorsqu’un salarié est placé en arrêt de travail, plusieurs obligations vous incombent en tant qu'employeur. Découvrez l'ensemble des formalités à accomplir, les délais légaux à respecter ainsi que vos droits en matière de contrôle.

1. Qu’est-ce qu’un arrêt de travail ?

Un arrêt de travail est prescrit par un professionnel de santé habilité lorsque l’état de santé d’un collaborateur ne lui permet plus d’exercer temporairement son activité professionnelle. Il peut être délivré à la suite :

• d'une maladie ou d'un accident d’origine non professionnelle ;

• d’un accident du travail ou de trajet ;

• d’une maladie professionnelle.

Nouveauté 2026 : Plafonnement de la durée des prescriptions Depuis le 1er septembre 2026, la durée des arrêts maladie prescrits est, en principe, limitée à 31 jours pour un arrêt initial et à 62 jours pour chaque prolongation. Le praticien conserve toutefois la possibilité de prescrire une durée supérieure s'il justifie que l’état de santé du patient l'exige. (À noter : ces plafonds ne s’appliquent pas à Mayotte).

2. Quelles démarches devez-vous accomplir ?

Vos formalités au début de l’arrêt de travail

De son côté, le salarié dispose en principe d'un délai de 48 heures à compter du début de son absence pour vous prévenir et vous transmettre le volet 3 de son avis d’arrêt de travail.

Dès que vous en avez connaissance, vous devez établir une attestation de salaire et la transmettre à l’Assurance Maladie afin qu'elle puisse déterminer les droits du salarié aux indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) et en calculer le montant.

Si vous utilisez la Déclaration sociale nominative (DSN), vos délais de transmission varient selon que vous pratiquez ou non la subrogation (mécanisme permettant à l'entreprise qui maintient le salaire de percevoir directement les IJSS de l'Assurance Maladie) :

• Sans subrogation : vous devez transmettre le signalement d’arrêt de travail dans les 5 jours suivant la prise de connaissance de l’arrêt.

• Avec subrogation : vous devez transmettre les éléments de salaire dès réception de l’arrêt et, au plus tard, avec la DSN mensuelle du mois au cours duquel l’arrêt est survenu.

Que faire en cas de prolongation de l’arrêt ?

Vous n'avez pas besoin d'établir une nouvelle attestation de salaire (une simple mise à jour de la date de fin prévisionnelle dans votre logiciel de paie suffit) si ces deux conditions sont réunies :

1. La prolongation s'inscrit dans la continuité directe de l’arrêt initial, sans jour d'interruption ;

2. La durée totale de l’arrêt continu ne dépasse pas 6 mois.

En revanche, dès lors que la durée totale d'un arrêt maladie excède 6 mois, une nouvelle attestation de salaire doit être transmise automatiquement via un signalement DSN (cette démarche n'est toutefois pas requise s'il s'agit d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle déjà reconnu et pris en charge).

Vos formalités à la reprise du salarié

Au retour de votre collaborateur, les démarches déclaratives dépendent de la date effective de sa reprise :

• Reprise à la date initialement prévue : il vous suffit de la renseigner normalement dans votre DSN mensuelle.

• Reprise anticipée (avant la fin de l'arrêt prescrit) : vous avez l'obligation d'effectuer un signalement dans les 5 jours suivant son retour via une DSN événementielle (ou, à défaut de DSN, en envoyant le formulaire d’attestation de salaire mentionnant la date de reprise anticipée).

Attention aux sanctions : Ce signalement permet à l’Assurance Maladie de stopper le paiement des indemnités journalières. Toute reprise anticipée non déclarée peut entraîner le versement d’indemnités indues et exposer votre entreprise à des sanctions financières.

Bon à savoir : Dans quels cas la visite médicale de reprise est-elle obligatoire ? La visite médicale de reprise n'est pas systématique. Vous avez l'obligation de la faire organiser par votre service de prévention et de santé au travail (le jour de la reprise ou au plus tard dans les 8 jours calendaires suivants) uniquement après :

• un arrêt d’au moins 60 jours pour maladie ou accident d’origine non professionnelle ;

• un arrêt d’au moins 30 jours consécutif à un accident du travail ;

• un arrêt pour maladie professionnelle, quelle qu'en soit la durée ;

• un congé de maternité.

Assouplissement depuis le 15 juin 2026 : Pour les arrêts délivrés depuis cette date, la visite de reprise n'est plus obligatoire si le salarié a bénéficié d'une visite de pré-reprise dans les 30 jours précédant son retour et que le médecin du travail a conclu qu'aucun aménagement de poste ou de temps de travail n'était requis (sauf si le salarié, vous-même ou le médecin du travail demandez expressément sa tenue).

3. Devez-vous verser des indemnités complémentaires au salarié ?

En complément des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS), vous êtes légalement tenu de verser des indemnités complémentaires à votre salarié s'il remplit l'ensemble des critères suivants :

• Justifier d’au moins 1 an d’ancienneté dans l'entreprise (calculée au premier jour de l'absence) ;

• Vous avoir transmis son justificatif d'arrêt de travail dans les 48 heures (sauf circonstances exceptionnelles) ;

• Percevoir les indemnités journalières de la Sécurité sociale ;

• Être soigné en France ou dans un pays membre de l’Espace économique européen (EEE) ;

• Ne pas relever d'une catégorie exclue du dispositif légal de mensualisation (travailleurs à domicile, salariés saisonniers, intermittents ou intérimaires).

Montant et calcul du maintien de salaire légal

Les indemnités complémentaires versées par l'employeur viennent s'ajouter aux IJSS (et, le cas échéant, aux prestations d'un régime de prévoyance financé par l'entreprise) afin de garantir au salarié :

1. 90 % de sa rémunération brute pendant une première période de 30 à 90 jours (selon son ancienneté) ;

2. 66,66 % (deux tiers) de sa rémunération brute pendant une seconde période d'égale durée (de 30 à 90 jours).

À noter : Quels sont les délais de carence applicables ?

• Carence Sécurité sociale : En cas de maladie ordinaire, les IJSS sont versées à compter du 4e jour d'arrêt (3 jours de carence).

• Carence Employeur : Les indemnités complémentaires légales sont dues à compter du 8e jour d'arrêt (7 jours de carence) en cas de maladie non professionnelle ou d'accident de trajet.

• Exception AT/MP : En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, le délai de carence est supprimé et l'indemnisation complémentaire est due dès le 1er jour d'absence.

Pensez à vérifier votre convention collective ou vos accords d'entreprise : ils prévoient fréquemment des dispositions plus favorables (maintien à 100 % du salaire net, suppression des jours de carence, ancienneté requise inférieure à un an).

4. Quels sont vos droits en tant qu'employeur ?

Faire procéder à une contre-visite médicale patronale

Dès lors que vous versez des indemnités complémentaires à un salarié en arrêt de travail, vous êtes en droit de mandater un médecin de votre choix pour effectuer une contre-visite médicale. Ce contrôle vise à vérifier le bien-fondé médical de l'arrêt ainsi que la cohérence de sa durée.

La contre-visite peut se dérouler :

• Au domicile ou au lieu de repos déclaré par le salarié, sans prévenance préalable (en dehors des heures de sortie autorisées ou aux créneaux communiqués par le salarié en cas de « sorties libres ») ;

• Au cabinet du médecin contrôleur, sur convocation préalable du salarié.

Pour rendre ce contrôle possible, le collaborateur a l'obligation de vous informer de son lieu de repos s'il diffère de son domicile habituel et, en cas d'arrêt avec « sorties libres », de vous préciser les plages horaires durant lesquelles il est présent pour un éventuel contrôle.

Quelles conséquences à l'issue du contrôle ? Le médecin contrôleur vous transmet ses conclusions, dont vous devez informer le salarié sans délai :

• Si le médecin juge l'arrêt injustifié, si le salarié refuse le contrôle sans motif légitime, ou si la visite est impossible du fait de l'absence du salarié, vous pouvez suspendre le versement des indemnités complémentaires pour la période postérieure à la date du contrôle (les indemnités dues avant le contrôle restent acquises).

• Attention : cette suspension financière est la seule mesure possible. Vous ne pouvez en aucun cas utiliser les conclusions de cette contre-visite pour prononcer une sanction disciplinaire à l'encontre du salarié.

Bon à savoir : La contre-visite patronale est indépendante des contrôles effectués par le service médical de l’Assurance Maladie. Seule la CPAM a le pouvoir de suspendre le versement des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS).

Secret médical et suspension du contrat de travail

• Respect du secret médical : Vous n'avez pas le droit d'exiger de votre salarié qu'il vous révèle les raisons médicales de son arrêt ou la nature de sa pathologie. Le volet 3 de l'avis d'arrêt qui vous est destiné occulte d'ailleurs volontairement ces éléments.

• Interdiction de faire travailler le salarié : Durant l'arrêt, le contrat de travail est suspendu. Vous ne pouvez donc pas solliciter votre collaborateur ni lui demander d'accomplir sa prestation de travail, même de manière ponctuelle ou à distance. Le salarié demeure toutefois tenu à une obligation de loyauté envers votre entreprise pendant toute la durée de son absence (interdiction d'exercer une activité concurrente, respect de la confidentialité, etc.).